لاک‌پشت‌های نینجا پس از سال‌ها پنهان شدن از دنیای انسان‌ها، حال تصمیم گرفته‌اند قلب مردم نیویورک را به دست آورده تا به عنوان نوجوانانی عادی پذیرفته شوند. اما زمانی که با ارتشی از جهش یافته‌ها روبرو می‌شوند، همه چیز تغییر کرده و ....

زمانی که یک بیگانه اسرارآمیز از آینده ظاهر می شود و به لاک ‌پشت‌ های نینجا یک هشدار بسیار مهم می دهد، آنها با بزرگترین چالش زندگی خود مواجه می ‌شوند و ...

بتمن، بت گرل و رابین با لاک پشت های نینجا متحد می شوند تا با دشمن قسم خورده لاک پشت ها یعنی “شرِدر” مبارزه کنند. این در حالی است که شردر هم با راس الغول و لیگ قاتلان متحد شده است…

 "لاک پشت های نینجا" که در نیویرورک هستند ، خود را برای مقابله با دشمن سرسخت خود ،"تی سی آر آی" آمده می کنند."دکتر باکستر استاکمن" که بر روی پروژه ی طوفان اوزونی برای دشمن لاک پشت ها کار می کند ، در حال آماده سازی مقدمات حمله ای آسمانی و بزرگ به نیویورک می باشد. حال "آپریل اونیل" خبرنگار به کمک 4 لاک پشت قصد دارند مانع از وقوع این حمله ناگهانی به نیویروک شوند و …..

داستان در مورد چهار برادر جهش یافته لاکپشتی است. لئوناردو ، رافائل ، داناتلو و مایکل آنجلو. چهار برادر توسط استادشان اسپلینتر آموزش دیده اند و حالا میخواهند در برابر دشمنشان شردر از شهر محافظت کنند.

داستان درباره یکی از کاراکترهای معمولی لگو است که به اشتباه جایگزین یک کاراکتر ساختمان ساز می‌شود و در ادامه،به ماموریتی می‌رود که با پیوستن به گروهی دیگر از لگوها در مقابل اهریمنی که قصد نابودی جهان را دارد بایستد و …

این انیمیشن داستان لاکپشت های نینجای معروف است با مهارت های خاص خودشان،‌ که سعی دارند فرد شروری را که تهدیدی برای کل دنیا است را از بین ببرند...